配合中央流行疫情指揮中心宣布5到11歲兒童第2劑疫苗間隔縮短為4到8週，臺北市教育局6月18日及6月25日於臺北市東西南北4區各擇一所國小開設兒童疫苗接種站，提供臺北市5到11歲兒童接種疫苗；兒童BNT疫苗第2劑將於6月27日起安排到校接種。
為了提升校園防疫力，並便利學童接種疫苗，北市教育局先前已偕同衛生局及醫療院所協助5到11歲兒童自從5月5日到31日在校接種莫德納疫苗，5月26到6月3日集中接種兒童BNT疫苗。統計至6月9日，臺北市公私立國小5到12歲學生至少接種1劑疫苗人數共7萬9,607人，第1劑疫苗覆蓋率達58.3%。
臺北市教育局陳素慧副局長表示，根據衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)專家會議建議，5到11歲兒童應完成2劑同廠牌的疫苗接種，且2劑間隔4到8週以上。北市教育局及衛生局持續合作，開設3種兒童疫苗接種管道提供家長選擇。
教育局與衛生局合作，規劃6月18日及25日於景美國小(南區)、西門國小(西區)、內湖國小(東區)及文化國小(北區)分別開設兒童疫苗接種站，提供5到11歲BNT疫苗第1劑及6-11歲莫德納疫苗第1、2劑接種，只要是就讀臺北市國小及幼兒園符合接種資格的學童，向就讀學校登記，由學校造冊，即可參加本次4站點的集中接種。此外，6月27日到7月1日將安排到校接種兒童BNT疫苗第2劑，確切時間由學校媒合醫療院所後通知家長。
除了在校接種外，家長也可以就近在診所接種疫苗。臺北市疫苗預約平台第16期於6月14日、15日開放登記，預計5到11歲兒童BNT疫苗將可提供6,910個名額；醫院特別門診預計提供兒童BNT及莫德納疫苗共2.3萬個名額，讓家長依據不同需求與意願自由選擇孩子接種疫苗時間與方式。